O projeto no Brasil é executado pela UICN-Brasil e opera em 3 territórios (Terras Indígenas Alto Río Purus e Mamoadate e Parque Estadual Chandless) e com 4 povos indígenas (Kaxinawa, Madjá, Manchineri e Jaminawa) e comunitários do Parque Chandless, no estado do Acre. A área de trabalho é de um milhão de hectares e faz fronteira com o Peru, gerando um cenário com desafios singulares.

A diferença dos outros países, estas terras indígenas não são representadas por uma única organização indígena própria. Ao viver dentro de áreas protegidas das quais o Estado é o responsável, é o mesmo Estado que as representa em várias instâncias. Por isto, as instituições do governo são atores-chave no desenvolvimento do projeto e um dos maiores avanços são justamente os acordos de articulação institucional que já foram assinados com a Secretaria Estadual do Meio Ambiente - SEMA, o Instituto de Mudança Climática - IMC, assim como com a Comissão Pro-Índio do Acre - CPI/AC.

O Brasil conta com 16 monitores escolhidos como representantes dos seus territórios, que já receberam treinamento inicial em Monitoramento. Além disso, foi desenvolvido um aplicativo de celular para registro das atividades de monitoramento em campo.